Issu d'une famille d'origine alsacienne qui s'est installée en Bourgogne en 1870, Félix Kir est né à Alise-Sainte-Reine en Côte-d'Or le 22 janvier 1876.
En 1891, il entre en quatrième au petit séminaire de Plombières-lès-Dijon et est ordonné prêtre en 1901.